Entre as atividades desenvolvidas pelo Morgado de Mateus à frente da capitania, merece destaque a implantação de vilas e povoados. Dom Luís Antônio reconhecia que a Capitania não poderia desenvolver-se sem povoações, “porque sem isso não pode haver comércio nem riqueza permanente”. Uma urbanização mais densa concentraria a população dispersa em centros urbanos, facilitando a restauração da capitania, seja do ponto de vista militar, seja do econômico, político ou social.

Desde 1705, nenhuma nova vila havia sido criada em território paulista. O Morgado de Mateus, procurando reverter essa situação, autorizou e incentivou novas elevações de povoados a vilas. Em 1767, promoveu a ereção da vila de São José do Paraíba, antigo aldeamento do termo da vila de Jacareí. A nova vila, que hoje é a cidade de São José dos Campos, foi a primeira das sete criadas durante o governo do Morgado. Se considerarmos os povoados - os que vingaram e os que acabaram desaparecendo -, o total de núcleos de povoamento criados por sua iniciativa chega a 27.